José María Fernández Saldaña recibió en sus primeros años una esmerada educación hogareña, que se acentuó en el Instituto Politécnico de Salto, donde empezó su amistad con Horacio Quiroga, para trasladarse luego a la capital, donde cursó estudios en la Facultad de Derecho. En 1905 se recibió de abogado, profesión que nunca ejerció, aunque la utilizó como base para el ejercicio de una serie de cargos y actividades públicas, en las que desplegó, como denominador común, el interés por la investigación y el estudio de la historia.